基序
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英文motif的縮寫。
也翻譯為“模序”,“模體”
例如,在反式作用因子的結構中,基序一般指構成任何一種特征序列的基本結構,作為結構域中的亞單元,其功能是體現(xiàn)結構域的多種生物學作用。
反式作用因子的DNA結合結構域(DNA binding domain)中的幾種常見基序:
①螺旋/轉角/螺旋(Helix-turn-helix,HTH)基序
兩段螺旋被一短的轉角結構分開,其中一段螺旋為DNA識別螺旋.
同源異形結構域(Homeodomain,由同源異形盒編碼)中含有HTH基序。具有Homeodomain的轉錄調控蛋白在胚胎發(fā)育和正常細胞分化的基因表達調節(jié)中有重要作用。
②鋅指(Zinc finger)基序
由肽鏈的保守序列中的一對組氨酸加一對半胱氨酸(His2/Cys2)或2對半胱氨酸(cys2/cys2)與一個鋅離子形成配位鍵,這些氨基酸對之間的多膚鏈成環(huán)狀突出并折迭成指形結構,多個指結構常串聯(lián)重復。
含鋅指基序的轉錄因子:與GC盒結合的SPl、類固醇激素受體家族,抑癌蛋白WT1等。
③亮氨酸拉鏈(Leucine-Zipper)基序
由一段每隔6個a a 就有一個Leu的伸展肽鏈組成,這些周期性出現(xiàn)的Leu都位于α-螺旋的同—側面,因此兩條均含Leu拉鏈基序的蛋白質通過亮氨酸側鏈的相互作用形成二聚體。
具有亮氨酸拉鏈基序的轉錄因子:原癌基因C-Jun/C-fos(APl家族)
④螺旋-環(huán)-螺旋(Helix-loop-Helix,HLHt)基序.
由2個α螺旋間隔一個非螺旋的環(huán)(loop)組成.
如原癌基因產(chǎn)物C-myc及其結合蛋白Max.
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