HIV基因組由兩條單鏈RNA組成，每個(gè)RNA基因組約為9.7k，在RNA5′端有一帽結(jié)構(gòu)（m7G5ppp5′GmpNp）,3′端有poly（A）尾巴。HIV的主要基因結(jié)構(gòu)和組合形式與其他反轉(zhuǎn)錄病毒相同，均由5′末端長(zhǎng)重復(fù)（long terminal repeat， LTR）、結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)（gag）、蛋白酶編碼區(qū)（pro）、具有多種酶活性的蛋白編碼區(qū)（pol）、外膜蛋白（env）和3′末端的長(zhǎng)重復(fù)LTR區(qū)組成。HIV較其他反轉(zhuǎn)錄病毒復(fù)雜，因?yàn)樗休^多的調(diào)節(jié)基因，故稱為復(fù)雜反轉(zhuǎn)錄病毒，以區(qū)別于沒(méi)有或只有很少調(diào)節(jié)基因的反轉(zhuǎn)錄病毒。為最大程度地利用有限的基因，HIV1基因編碼區(qū)有很多重疊，尤其在基因組3′端。其部分基因如Tat和Rev是不連續(xù)的，被插入的內(nèi)含子分隔成兩個(gè)外顯子。HIV1至少有4個(gè)功能性的剪接供體位點(diǎn)和6個(gè)剪接受位點(diǎn)。
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